促成这一变化，新安江流域生态补偿机制试点功不可没。与首轮试点相比，中央财政每年安排补偿资金3亿元不变，皖浙两省每年各安排补偿资金2亿元，各新增1亿元，实现环境同治、成本共担，效益共享。考核依据，则是安徽、浙江两省跨界断面水质的监测数据。年度水质达到考核标准，浙江拨付给安徽1亿元，水质达不到考核标准，安徽拨付给浙江1亿元。
以水质“约法”，共同设立环境补偿基金。所谓跨省流域水环境生态补偿试点，即根据奖优罚劣的渐进式补偿机制，由环保部每年组织安徽、浙江监测跨界水质，并以省界断面达标的水质为基本标准。首轮的三年试点间，也使得皖浙两省交界断面的水质回复到二类水水质，千岛湖营养状态出现了拐点。
2016年底，安徽、浙江两省签订新一轮的生态补偿协议。补偿范围从单领域补偿延伸至综合补偿，补偿尺度从省内补偿扩展到跨省补偿，补偿方式从资金补偿转变为多元化补偿。新一轮试点必须跳出治理看治理，要实现原来的末端治理向源头控制、项目推动向制度保护、生态资源向生态资本的“三个转变”。目前，新安江生态补偿试点以三年为一个周期的第二轮试点将在今年年底全面完成。
新安江流域生态补偿试点已进入第二轮尾声，接下来，两省将继续合力做好新安江流域生态保护各项工作，目前正加紧研究今后新安江流域生态共建补偿模式。浙江省发改委相关负责人介绍，两省的合作不仅包括联合监测数据，还有汛期联合打捞、联合环境执法、应急联动等机制。省发改委上述负责人表示，跨省流域生态补偿试点，初步建立了上下游生态共保、环境共治的合作共建机制，有力推动了新安江流域环境治理和生态文明制度建设。
率先起步的新安江流域试点，意义也就格外深远。作为全国首个跨省流域生态补偿机制试点，新安江试点工作入选全国十大改革案例，写入中央《生态文明体制改革总体方案》，先后被广西、广东、福建、江西、河北、天津、陕西、甘肃等地推广。但在众多业界人士看来，跨省流域的生态补偿虽已在多省份推开，但成熟模式的探索仍是任重道远。
针对新安江流域水环境补偿试点，未来应继续完善和加强制度顶层设计，健全补偿长效机制。同时，上下游通过共建新安江绿色产业基金、PPP基金、融资贴息等多种方式，撬动更多的社会资本参与新安江环境保护和生态建设。而就跨省流域生态补偿制度而言，中国水利水电研究院副总工程师何少苓指出，唯有利益共享、责任共担，才能解决跨省流域生态补偿难题。
