《办法》明确，流域范围内所有市、县既是流域水生态的保护者，也是受益者，对加大流域水环境治理和生态保护投入承担共同责任。同时，综合考虑不同地区受益程度、保护责任、经济发展等因素，在资金筹措和分配上向流域上游地区、向欠发达地区倾斜。
根据水质优先、奖惩分明原则，《办法》将水质指标作为补偿资金分配的主要因素，建立奖惩机制，对水质状况较好、水环境和生态保护贡献大、节约用水多的市、县加大补偿，反之则少予或不予补偿。
《办法》提出，按照建立生态保护补偿长效机制的要求，明确资金筹集标准、分配方法、使用范围、管理职责分工及监督检查办法等，实现生态保护补偿资金筹措与分配的规范化、透明化。
根据《办法》，流域补偿省级支持部分包括存量部分和新增部分。存量部分即省财政每年安排重点流域水环境综合整治专项预算2.2亿元用作流域生态补偿金；新增部分2018年至2020年分三年逐年到位。其中，省财政专项预算每年分别新增4500万元、4500万元、6000万元。
